Khí hậu ở Andes thay đổi lớn tùy theo độ vĩ độ, độ cao và khoảng cách đến biển. Nhiệt độ, áp suất khí quyển và độ ẩm giảm ở những độ cao lớn hơn. Đoạn phía nam đặc trưng bởi mưa và lạnh, trung Andes thì khô. Trong khi đó bắc Andes thì đặc trưng bởi mưa và ấm với nhiệt độ trung bình 18 °C (64 °F) ở Colombia. Khí hậu có thể thay đổi đáng kể trong một khoảng cách ngắn. Rừng mưa tồn tại chỉ cách khu vực đỉnh Cotopaxi bị tuyết bao phủ chỉ vào dặm. Các núi chịu ảnh hưởng lớn về nhiệt độ của các khu vực xung quanh. Đường ranh tuyết phụ thuộc vào vị trí, nó nằm ở độ cao giữa 4.500 và 4.800 m (14.800–15.800 ft) ở khu vực thuộc Ecuadoria, Colombia, Venezuela, và bắc Peru, đến độ cao 4.800–5.200 m (15.800–17.060 ft) ở các khu vực khô hơn thuộc miền nam Nam Peru đến miền nam Nam Chile khoảng 30° Nam, sau đó giảm xuống 4.500 m (14.760 ft) thuộc Aconcagua ở 32°Nam, 2.000 m (6.600 ft) ở 40°Nam, 500 m (1.640 ft) ở 50°Nam, và chỉ 300 m (980 ft) thuộc Tierra del Fuego ở 55°Nam; từ 50°Nam, nhiều sông băng lớn hơn trải dài xuống mực nước biển.[3]

Andes thuộc Chile và Argentina có thể được chia thành 2 khu vực khí hậu và các vùng sông băng; Andes khô và Andes ướt. Vì Andes khô kéo dài từ các vĩ độ thuộc sa mạc Atacama đến khu vực thuộc sông Maule, giáng thủy rải rác và có sự dao động mạnh về nhiệt độ. Đường cân bằng có thể dao động mạnh theo các chu kỳ ngắn, để lại toàn bộ sông băng trong khu vực bị tan chảy hoặc trong khu vực đóng băng.

Ở vùng cao của Andes thuộc trung Chile và tỉnh Mendoza, các sông băng đá lớn hơn và phổ biến hơn sông băng thường; điều này là do chúng tiếp xúc nhiều với bức xạ mặt trời.[4]

Mặc dù giáng thủy tăng theo độ cao, cũng có khu vực bán khô cằn ở độ cao gần 7000 m nằm chót vót trên các đỉnh của Andes. Khí hậu thảo nguyên khô này được xem là điển hình của khí hậu cận nhiệt đới ở vĩ độ 32-34°N. Dù vậy ở cacd9a11y thung lũng không phát triển cây thân gỗ mà chỉ có các cây bụi lùn. Các sông băng lớn như sông băng Plomo và Horcones thậm chí không đạt đến chiều dài 10 km và có bề dày không đáng kể. Tuy nhiên, trong thời kỳ băng hà cách đây 20.000 năm, các sông băng từng dài hơn gấm 10 lần hiện tại. Ở phía đông của đoạn núi Andes thuộc Mendozina, chúng chảy xuống đến cao độ 2060 m và ở phía tây đến cao độ 1220 m.[5][6] Các khối núi Cerro Aconcagua (6962 m), Cerro Tupungato (6550 m) và Nevado Juncal (6110 m) nằm cách xa nhau hàng chục km và được liên kết với nhau bởi các mạng sông băng. Mạng nhánh của mạng sông băng, như các hợp phần của thung lũng sông băng, đã kéo dài 112.5 km, dày hơn 1020 m, và kéo dài theo chiều thẳng đứng 5150 m. Đường ranh sông băng (climatic glacier snowline) hiện đã bị hạ thấp từ 4600 m xuống 3200 m vào thời gian băng hà.[5][7][8][9][10][11][12][13][14]